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인천교통공사가 과세 당국을 상대로 수십억원대 부가가치세 환급 소송을 준비하고 있다. 장애인 콜택시 운영 등 인천시 위탁사업 운영보조금에 대한 부가세 면제 조치가 이뤄져야 한다며 법적 대응을 검토하고 있는 것이다. 인천 남동구 인천교통공사 본사 전경. /경인일보 DB
 

'지방공단은 되고, 지방공사는 안 된다?'

인천교통공사가 과세 당국을 상대로 수십억원대 부가가치세 환급 소송을 준비하고 있다. 장애인 콜택시 운영 등 인천시 위탁사업 운영보조금에 대한 부가세 면제 조치가 이뤄져야 한다며 법적 대응을 검토하고 있는 것이다.

현행법상 '지방공단'이 자치단체로부터 사업을 맡아 운영할 경우엔 부가세가 면제되는데, '지방공사'가 하게 되면 부가세를 내야 한다. 이 부분에 법적 다툼의 여지가 있을 수 있다는 게 인천교통공사 판단이다. 위탁사업의 성격이 '공익적'이라는 부분도 고려돼야 한다고 강조하고 있다. 


장애인 콜택시 등 위탁 사업들
市로부터 年 300억 보조금 받아
'최근 2년 50억' 법적 대응 검토


29일 인천시와 인천교통공사에 따르면 인천교통공사는 장애인 콜택시, BRT(간선급행버스체계·Bus Rapid Transit), 청라GRT(유도고속차량·Guided Rapid Transit) 등을 인천시를 대신해 운영하고 있다.

이들 사업에 투입되는 인천시 보조금은 연간 약 300억원이다. 과세 당국은 이 보조금이 인천교통공사 매출에 해당하는 만큼, 부가가치세를 내야 한다는 입장이다.

과세 당국은 지난 2019년께 인천교통공사에 대한 정기 세무조사에서 이 같은 사실을 확인하고 2014년부터 2019년까지 5년간 납부하지 않은 부가세 70여억원을 인천교통공사에 추징하기도 했다. 조세특례제한법상 부가세 면제 대상이 구체적으로 규정돼 있는데, 지방공단의 경우 부가세 면제 대상이지만 지방공사는 아니라는 것이다.

인천교통공사는 이 부분에 대해 해석의 여지가 있다고 보고 있다. '정부 업무를 대행하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역'의 경우 부가세를 면제토록 하고 있는 법 취지를 살필 필요가 있다는 것이다. 장애인 콜택시, BRT, 청라GRT 등은 지방정부인 인천시의 업무를 대행해 인천교통공사가 공급하는 재화나 용역이 될 수 있다는 판단이다.

현행법상 지방공단만 면제대상
"해석의 차이… 법적 다툼 여지
공익성 크고 운영 수익도 없어"


인천교통공사는 공익성이 큰 사업이라는 점도 고려돼야 한다고 보고 있다. 사업 운영을 위해 인천시로부터 받는 보조금은 콜택시 요금 등 운송 수입과 함께 운영비로 지출된다. 보조금 수입보다 운영비 지출이 적은 경우엔 차액을 인천시에 반납하는 구조로, 인천교통공사가 사업 운영으로 가져가는 수익은 없다.

인천교통공사는 우선 2020년과 2021년 납부한 부가세 50여억원에 대한 조세심판원 판단을 받아본 뒤, 추가적 법적 대응 방안을 검토할 방침이다.

인천교통공사 관계자는 "장애인 콜택시 등은 국민을 위한 대행 사업인 만큼, 법무법인 등과의 협의과정에서 부가세 문제를 다퉈볼 여지가 있다는 의견이 여럿 있었다"며 "협의를 계속 진행하면서 대응 논리를 추가 개발할 계획"이라고 했다.

이어 "우리 입장이 반영될 경우, 다른 인천시 위탁사업들에 대한 부가세 환급 소송도 가능할 것으로 예상한다"며 "공사 재정 건전화에도 도움이 될 것으로 기대한다"고 했다.

/이현준기자 uplhj@kyeongin.com